从总体流程上看，原告向有管辖权的法院提交起诉状，法院会对起诉状进行初步审查，若符合要求这将起诉状转达给被告；被告接到起诉状后，会根据起诉状的内容提交答辩状。
东京和大阪地区法院在审理专利侵权的民事诉讼时会分为侵权判定阶段和损害赔偿确定阶段；只有在侵权判定阶段中判定被告侵权成立，才会进入损害赔偿确定阶段。
侵权判定阶段包含第一次口头辩论庭审和 5-6 个的"准备程序（" 争点及び証拠の整理手続，Preparatory Proceedings）期日。在最后一个"准备程序"期日中，若法院认定为不侵权，则进行第二次口头辩论庭审；结合第二次口头辩论庭审及在准备程序中收集的证据，法院若最后仍认定不侵权或专利被无效，则作出判决，诉讼流程结束。法院若认定被告侵权，则开启损害赔偿确定阶段，通常损害赔偿确定阶段包含2-3 个"准备程序"期日。每个"准备程序"期日之间间隔30日到 60 日不等，"准备程序"期日的具体数量也会根据案情有所调整。以下流程以东京地区法院的一般审理流程为例。
"准备程序"期日通常是法官与诉讼双方协商确定一个日期，在个该日期，双方进行沟通，推进证据和事实等内容的核实。
一、第一次口头辩论庭审
在该阶段，由原告提交起诉状后，被告根据原告主张提交答辩书。其中起诉状应当包含起诉人及被诉人信息、诉讼依据等信息；答辩书应该包含在诉讼中拟提出的全部论点，包括被控侵权产品或方法的说明，承认或否认侵权行为，并且一般会提出无效抗辩。
日本在审理专利诉讼时，被告可以向法院主张原告专利权无效，经过审理，法院可以直接宣告原告的专利权无效。中国的法院在这点与日本明显不同，中国的法院并不能直接宣告专利无效，只有中国国家知识产权局的复审与无效审理部才具备宣告专利无效的权力。
被告提交答辩书后，双方会进行第一次口头辩论庭审，在庭审中，原告和被告应提交基本的书面证据（专利登记簿、专利公报、产品的基本信息等），以及对证据的具体说明。
需要额外说明的是，该"口头辩论"庭审并不像中国诉讼流程中的庭审时诉讼双方激烈的对抗，日本在该阶段的"口头辩论"的主要内容是确认双方提交的证据及文件，以及陈述基本意见；详细的证据交换、技术问题确定等问题将在多个"准备程序"期日中进行。
第一次口头辩论庭审结束后，该案件将进入"准备程序"，法庭会任命主审法官和控制审判流程辅助法官；"准备程序"中通常包含 5-6 个期日，且法官可以根据案情对具体的数量和每个期日进行的内容进行调整。以下的程序为东京地方法院审理类似案件通常的流程，具体的期日数量及各个期日进行的主体会因案件而有所不同。
二、准备程序的第一期日—被告第一次抗辩
该阶段主要内容是被告提交证据证明其产品或方法并未落入专利权保护范围，通常也会同时主张专利无效抗辩。若提出了无效抗辩，被告需要提交主张无效抗辩的说明，同时提交必要的书面证据。
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